جميع النساء يملكن أنواعاً من البكتيريا النافعة في المهبل وهي تعيش بشكل مسالم، ومن هذه الأنواع: بكتيريا Gardenella و Mobiluncus، لكن إذا زاد هذان النوعان عن تكاثرهما الطبيعي لأسباب معينة، تصاب المرأة بإلتهاب المهبل اللاهوائي.
فالكائنات الدقيقة تترعرع وتزدهر في المهبل، وتحت الظروف الطبيعية، الوسط الحمضي، في المهبل السليم تعيش هذه الكائنات في حالة توازن، وعندما يختل هذا التوازن ينطلق أحد أنواع البكتيريا ليتكاثر بسرعة ويهاجم المهبل مسبباً الإلتهابات به.
ومن الجائز أيضاً أن يحدث الإلتهاب بسبب أحد الأنواع غير الموجودة بشكل طبيعي في المهبل من الأصل، وعلى الرغم من انتقال بعض أنواع الأمراض التناسلية إلا أن أغلبها لا ينتقل عن طريق العلاقة الحميمية.
أما أسباب الخلل في إتزان بيئة المهبل فيما يتعلق بالبكتيريا الطبيعية فيحدث غالباً في الحالات التالية:
* إستخدام المضادات الحيوية.
* الوسائل الموضعية المضادة للميكروبات.
* الملابس الداخلية الضيقة غير المسامية.
* بخاخات التنظيف ذوات الروائح العطرية.
* الاضطرابات المعوية كالإسهال.
* تناول حبوب منع الحمل.